ഭാവി മാത്രമല്ല, ചരിത്രവും പുതുക്കലുകൾക്കു വിധേയമാണെന്ന് അദ്ദേഹം കാട്ടിത്തന്നു. ഡച്ചുകാരുടെ നേതൃത്വത്തിൽ പിറന്ന അപൂർവഗ്രന്ഥമായ ഹോർത്തൂസ് ഇൻഡിക്കൂസ് മലബാറിക്കസ് എന്ന പുസ്തകത്തിന്റെ പിറവിയെക്കുറിച്ചും അർഹിക്കുന്ന പ്രാധാന്യത്തിൽ അദ്ദേഹം വിവരിക്കുന്നു.
കേരളത്തിലെ നാട്ടുരാജ്യങ്ങളുമായുള്ള വിദേശികളുടെയും ഇന്ത്യയുടെ ഇതരകേന്ദ്രങ്ങളിൽനിന്നുള്ളവരുടെയും വാണിജ്യബന്ധങ്ങളും അതിലൂടെ രൂപപ്പെട്ട അധികാര ശ്രേണികളുടെ വളർച്ചയും തകർച്ചയുമൊക്കെ പ്രാചീനകേരളത്തിന്റെ വാണിജ്യബന്ധങ്ങളെ പുസ്തകത്തിൽ സജീവചർച്ചയായി പണിക്കശേരി ഉയർത്തുന്നു. കേരളത്തിന്റെ രൂപവത്കരണത്തിൽ കറുത്തപൊന്നായ കുരുമുളകിന്റെ പ്രാധാന്യം എത്രത്തോളമെന്ന് അദ്ദേഹം കൗതുകത്തോടെ എഴുതിയിട്ടുണ്ട്.
ഭൂപ്രകൃതി, മൃഗങ്ങൾ, സസ്യങ്ങൾ എന്നിവ സഞ്ചാരികളുടെ വരികളിൽനിന്ന് അദ്ദേഹം ചരിത്രരേഖകളാക്കി പകർത്തിയെഴുതി. പതിനഞ്ചാംനൂറ്റാണ്ടുവരെ കേരളത്തിൽ കറുത്ത സിംഹങ്ങളുണ്ടായിരുന്നു എന്നതു തെല്ല് അദ്ഭുതത്തോടെയല്ലാതെ വായിക്കാനാകില്ല. വസ്ത്രധാരണം, കാലാവസ്ഥ, ആഭരണങ്ങൾ, ശിക്ഷകൾ എന്നിവയെല്ലാം ദേശാടകരുടെ കണ്ണിലൂടെ വിവരിച്ചു.
1965ൽ പണിക്കശേരിയുടെ കേരള ചരിത്രം കേരള സർവലാശാല എംഎ സിലബസിൽ ഉൾപ്പെടുത്തി. പിന്നീട് കേരള-കാലിക്കട്ട്-മഹാത്മാഗാന്ധി യൂണിവേഴ്സിറ്റികളിൽ പത്തോളം പുസ്തകങ്ങൾ പാഠപുസ്തകങ്ങളായി അംഗീകരിച്ചിരുന്നു.